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INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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ChemHouse

Qu'est-ce que ChemFlow ?

Pourquoi un logiciel de chimiométrie ?

Chemflow est un logiciel mis gratuitement à disposition du plus grand nombre.

Il a été conçu avec deux objectifs :

  • Un support pour l'enseignement. Chemflow a été spécialement adapté pour permettre l'application des exercices proposés dans Chemoocs. Mais il peut servir à n'importe quel enseignant en chimiométrie souhaitant faire pratiquer ses élèves.
  • Un support pour la recherche/développement. Chemflow contient des méthodes nouvelles, validées, compatibles avec le format des données, ce qui permet de les mettre en oeuvre très rapidement. Nous espérons que Chemflow devienne ainsi un benchmark des nouvelles méthodes. Pour cela, nous aurons besoin de vos retours d'expérience, quels qu'ils soient.

Les + de ChemFlow

  • Application Web dédiée à la chimiométrie : gratuit, libre, accessible à travers un navigateur et sans ligne de commande
  • Il utilise un moteur existant Galaxy, plus utilisé dans la bioinformatique :
    • une interface ergonomique
    • open source
    • une communauté
    • permet d'automatiser les traitements, les reproduire, les partager, les publier de façon transparente
    • Serveur public (https://main.g2.bx.psu.edu/) : gratuit mais avec un quota limité
  • Importer des données de différents format : csv, mat, rdata, via une URL
  • Éditer des fichiers : supprimer des individus et extraire des variables
  • Créer des graphes interactifs
  • Se base sur des outils existants :
    • il utilise le moteur GalaxyProject et
    • des méthodes de chimiométrie existants développées dans de nombreux langages (R, Scilab, Octave / Matlab)
  • Appliquer des méthodes de chimiométrie classiques : ACP, PLSR, discrimination, etc
  • Appliquer des méthodes de chimiométrie plus avancées : transfert d'étalonnage, MCR-ALS, ICA, ACOM,EPO, etc
  • Créer, éditer et exécuter des workflows sous forme graphique
  • Partager ces worflows, ses données, des historiques de traitement entre utilisateurs de ChemFlow
  • Traçabilité des opérations et reproductibilité scientifique

Les + d’une application web

  • Aucune installation sur votre ordinateur, votre navigateur suffit !
  • Vous pouvez vous connecter à votre compte depuis n’importe où du moment que vous avez une connexion Internet.
  • Vous profitez de la puissance de calcul des serveurs.
  • Vous bénéficiez de la même version logiciel et des dernières mises à jour en temps réel.
  • Vos données et vos traitements chimiométriques sont sécurisés.

Quelques chiffres

+ de 1000 inscrits à ce jour

Outils collaboratifs

  • Site Web : 1 de travail et celui-là de communication
  • Compte Rendu : étherpadDépôt de codes : GitLab Framagit et GitLab INRAE
  • Compte Google : Agenda, Drive,
  • chaine Chem Project You Tube
  • Collaboration par le groupe GEOC : geoc@groupes.renater.fr
  • Liste de diffusion :chemflow@chemproject.org
  • Ressources : VM pour le développement + France Grille pour la production

Le contenu du logiciel

Chemflow contient les méthodes suivantes, lisible depuis le navigateur Firefox (mis à jour) :

Accès

Pas d'installation, c'est une application web. Il suffit de vous connecter sur https://vm-chemflow-francegrille.eu. Cliquez sur "you may create one" et renseignez les champs. Ignorez le message qui parle du lien d'activation. Et 1 minute après, connectez-vous avec vos identifiants !

En cas de problème, écrivez à chemflow@chemproject.org avec comme sujet du message : "Chemflow - demande d'accès". De préférence, utilisez votre adresse professionnelle et mettez dans le corps un petit message personnalisé.

Nous vous conseillons le navigateur Google-Chrome. Les fonctions d'affichage graphique de ChemFlow sont moins ergonomiques sur Mozilla-Firefox ou Internet-Explorer. L'utilisation de ChemFlow sous d'autres navigateurs n'a pas été entièrement testée, nous ne pouvons garantir son bon fonctionnement.
Si votre navigateur affiche un avertissement de non validité du certificat de sécurité, cliquez sur avancée et accepter la connexion ou poursuivre sur ce site.

Aide

Toute la documentation de l'outil est en anglais. Pour afficher une autre langue, il suffit d'utiliser la traduction automatique disponible avec le navigateur Chrome, dans la barre de menu de l'outil ChemFlow (Galaxy), cliquez droit et choisir la langue. De manière générale, si vous avez besoin d'aide sur l'utilisation de ChemFlow, n'hésitez pas à poser vos questions à l'adresse chemflow@chemproject.org
Connexion
Un mail de création de compte Chemflow, vous a été envoyé par chemflow@chemproject.org.
Depuis le menu User puis Login, saisissez votre mail, puis votre mot de passe. Consulter votre nom public et n'hésitez pas à changer votre mot de passe.
Remarques :
- Assurez-vous d'utiliser une adresse électronique valide.
- En raison des quotas de données et de l'emploi bienveillant, les utilisateurs ne disposent que d'un seul compte actif.
- Merci de respecter la charte utilisateur CharteChemFlow.

Maintenance

L'accès à chemflow sur l'ancien serveur https://vm-chemflow.toulouse.inra.fr/ n'est plus accessible depuis juillet 2018.
Pour retrouver vos données antérieures à juillet 2018, prendre contact avec chemflow@chemproject.org
Historique des maintenances :

  • Maintenance du serveur Genotoul le jeudi 2 novembre 2017 de 12h à 14h.
  • Maintenance du serveur Genotoul en juillet et août 2018.
  • Maintenance du serveur France Grille Strasbourg du mardi 30 juillet 13h jusqu'au jeudi 1er août 17h 2019.
  • Interruption du réseau RENATER sur tout l'Est de la France qui a entraîné un accès impossible à chemflow du mercredi 18 décembre 4h30 à Jeudi 19 décembre 2019.
  • L'accès à chemflow est de nouveau accessible normalement après une ré-actualisation du certificat de sécurité le 27/01/2020 14h.
  • ChemFlow est momentanément indisponible depuis mercredi 7 octobre 2020 à 15h30. Nous vous tiendrons informer de sa ré-ouverture.
  • ChemFlow est rétabli depuis mercredi 14 octobre 2020.